二次世界大战中日本战败的前夕，狂热的军国分子原打算将藏在日银内的黄金作为复兴的基金，谁知却被陆军大尉笹仓雅实克留。从此这批黄金以M资金的名义隐退在历史幕后，操纵着日本乃至世界政经局势的走向。进入21世纪，以M资金作为欺诈手段的真舟雄一（佐藤浩市 饰）意外接到神秘人物“M”（香取慎吾 饰）的委托，

住在深山老林里的老爷爷（地井武男 配音）一早进山砍竹子，结果竟在附近的一根发光的竹笋中发现了只有掌心大小的娃娃。没有子女的老爷爷兴奋不已，他双手捧着娃娃回到家中，而小家伙竟然在老奶奶（宫本信子 配音）...

西暦2203年、銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生じた。異次元断層から別の銀河が現れ、核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。古代進は宇宙戦艦ヤマトの艦長として地球防衛軍の命を受け調査に向かった。かつての盟友デスラー率いるガルマン・ガミラス帝国は壊滅的な被害を受けていた。そんな